由于帮派之间的纷争，哈尼一个人去对抗另一个帮派，结果被对方的老大山东推到了火车轮下。小四参与了替哈尼复仇的行动，山东被杀。接着，是小四父亲涉嫌政治被迫写交待材料并被解聘，受到迫害，近乎神经质；母亲受牵连被免掉了教职。小四因为冲撞校方被勒令退学，转学日间部。
　　小明的母亲到马司令家帮佣，马司令的儿子小马是小四的朋友，是一个变形的早熟的少年，小明又移情于小马。家庭和学校所发生的事情让小四难以承受，而小明与小马的交往又使小四陷入友情和爱情的矛盾中，他与小马吵翻。在牯岭街的旧书市上，小四看见了小明，再次向她表明心迹，而小明却断然拒绝了。于是，失去控制的小四接连向小明捅了７刀，小明当场死去。小四被拘捕，被判了１６年徒刑。
　　小明和小四到底谁是受害者，我们无从评判。小明的母亲曾忧伤地说：“你一定要快快长大。”这沉重的期待和严酷的生存环境剥夺了小明真正享有青春的权利，她在最单纯的年纪就迅速地被这个世界同化了。如果说在小四由明转暗的青春里，小明是他最后的亮色。那么，在小明早已暗淡无光的青春里，小四也是她惟一的亮色，而这惟一的一星光亮，最终还是被她自己掐灭了。
　　对于小四来讲，周围的一切都是残酷的。家庭，本来奉公守法的父亲却突遭横祸，一个完好的家庭变得支离破碎；朋友，最铁杆的朋友之一小马居然同自己的女友小明好。这一切不是哪个少年人承受得了的，于是他想用自己渺小的力量去对抗这个世界。小明很聪明，她死之前最后一句话说：“我就好像这个世界一样，是不会为你而改变的”！
　　“不会为你改变，就像这个世界”多么无畏而绝望啊！你想要改变这个世界，你不改变你自己，于是，故事有了结局，好了，我们去死吧……
　　回到电影本身，《牯岭街少年杀人事件》是一部以青春为载体的影片，它所蕴涵的少年的罪恶是那种自觉的，必然的，那里面没有毒品，没有性，也没有体验，有的是不成熟却要做出成熟的样子来的爱情，无力的渴望，无力的挣扎，无力的反抗……这里面没有足够酷足够性感的故事与镜头，它甚至是一个有关时代的必然产物，它无关于“成长”或者“堕落”哪怕是“变化”。这一切的一切，从少年小四的生活里平滑地体现。在这不疾不徐的叙述中，一切都随着他那刺向女友小明的刀而结束，小四最终走向了极端，他的青春也结束在牯岭街上。
　　小四和小明的青春结束在牯岭街上，你呢？
　　你看，我们的年华夹杂着少年初始的懵懂之美，终在这四小时的青春悲歌里迅速老去。